Konferencja Użytkowników Komputerów Dużej Mocy - KUKDM 2025

2 Apr 2025, 14:30 → 4 Apr 2025, 16:45 Europe/Warsaw

Bachleda Hotel Kasprowy

>> Wyświetl szczegółowy program wydarzenia >>

>>Pobierz program w formacie PDF>>

---

Serdecznie zapraszamy do udziału w interdyscyplinarnym wydarzeniu łączącym środowisko naukowe i technologiczne. Siedemnasta Konferencja Użytkowników Komputerów Dużej Mocy - KUKDM 2025 jest organizowana w Zakopanem w dniach 2-4 kwietnia 2025. Tegoroczna edycja uzyskuje zmienioną formułę w stosunku do lat poprzednich, oferując uczestnikom rozszerzone możliwości doskonalenia wykorzystania superkomputerów w badaniach naukowych w czasie szkoleń grupowych i indywidualnych konsultacji z zespołem wsparcia PLGrid.

Cele wydarzenia

• Prezentacja działalności Cyfronetu i informacja o zasobach sprzętowych, oprogramowaniu i oferowanych usługach.
• Przedstawienie najnowszych kierunków rozwoju architektur komputerowych i sieciowych, w tym również zasobów pozwalających na wykonywanie obliczeń kwantowych.
• Przegląd wyników prac realizowanych z wykorzystaniem dostępnych w Cyfronecie zasobów obliczeniowych, pamięci masowych i oprogramowania.
• Spotkanie z przedstawicielami producentów sprzętu i oprogramowania zainstalowanego w ACK Cyfronet AGH.
• Szkolenia, konsultacje, dyskusje i wymiana informacji pomiędzy użytkownikami a pracownikami Cyfronetu.

---

You are invited to participate in an interdisciplinary event combining the scientific and technological community. The Seventeenth HPC Users' Conference - KUKDM 2025 is organized in Zakopane on April 2-4, 2025. This year's edition gets a revised format compared to previous years, offering participants expanded opportunities to improve the use of supercomputers in scientific research during group training sessions and individual consultations with the PLGrid support team.

Objectives of the event

• Presentation of Cyfronet's activities and information on hardware resources, software, and services offered.
• Presentation of the latest directions in the development of computer and network architectures, including resources that allow quantum computing.
• Review of the results of work carried out using computing, storage, and software resources available at Cyfronet.
• Meeting with representatives of manufacturers of hardware and software installed at ACC Cyfronet AGH.
• Training, consultations, discussions, and exchange of information between users and Cyfronet staff.

---

>> Click to download the Book of abstracts >>

Informacja-KUKDM2025.pdf

KUKDM_PROCEEDINGS_2025-book_of_abstracts.pdf

Program Commitee.pdf

sale_konferencyjne.png

Wednesday, 2 April

15:00 → 17:00 Podstawy zarządzania danymi badawczymi - Fundamentals of research data management

Opis szkolenia - Training description

15:00 → 17:00 Wykorzystanie dużych modeli językowych dla danych prywatnych cz. 1 - LLM for private data, part 1

Opis szkolenia - Training description
15:00-19:20 z przerwą kawową o 17:00 | 3PM -7:20 PM with coffee break at 5:00 PM

17:00 → 17:20 Przerwa kawowa / Coffee break

17:20 → 19:20 Wykorzystanie dużych modeli językowych dla danych prywatnych cz. 1 - LLM for private data, part 1

Opis szkolenia - Training description
15:00-19:20 z przerwą kawową o 17:00 | 3PM -7:20 PM with coffee break at 5:00 PM

19:30 → 20:30 Kolacja / Dinner

Thursday, 3 April

09:00 → 10:40 S1

Convener: Dr Andrzej Zemła (ACK Cyfronet AGH)

09:00 Cyfronet in the AI Era

Speaker: Marek Magryś (ACK Cyfronet AGH)

09:40 Relativistic MHD Simulations of Merging and Collapsing Stars

Compact binary mergers and the collapse of massive stars can produce intense transients observable across high-energy wavelengths. Events such as gamma-ray bursts and kilonova emissions are often accompanied by gravitational wave detections, making them crucial sources for multi-messenger astrophysics. To explore these phenomena theoretically, state-of-the-art approaches like numerical relativity and GR magnetohydrodynamic simulations are used. In this talk, I will review the current progress in simulations of mergers and collapsars, and present recent findings from my team, achieved using Polish PL-Grid and European High-Performance Computing facilities.

Speaker: Prof. Agnieszka Janiuk (Center for Theoretical Physics PAS)

10:10 Introduction to Quantum Computing - Optimizing Logistics Case Study

In this talk, I will give an introduction to the quantum computing domain, explaining the basic concepts and algorithms, how it is different from the traditional way of computing, and what are the biggest challenges in this field.
I will also explain the difference between circuit-based models and the quantum annealing approach.
Finally, I will present a use case demonstrating how quantum computing could be applied to solve routing problems in logistics.

Speaker: Dr Paweł Gora (Quantum AI Foundation)

10:40 → 11:20 Kawa i sesja plakatowa | Coffee & Poster Session

1. Automated Management of 3D Digital Cultural Heritage Objects in Eureka3D with Onedata - Michał Orzechowski, Łukasz Opioła, Ignacio Lamata Martínez, Marinos Ioannides, Panayiotis N. Panayiotou, Łukasz Dutka, Renata G. Słota, Jacek Kitowski
2. QHyper: an Integration Library for Hybrid Quantum-Classical Optimization - Tomasz Lamża, Justyna Zawalska, Kacper Jurek, Mariusz Sterzel, Katarzyna Rycerz
3. Modeling of the Molecular Structure and the Modulated Nematic Phase - Bartosz Nikiel, Antoni Kocot
4. HPC-Driven Analysis of LGAD Waveforms for Proton Beam Monitoring - Leszek Grzanka, Nicola Minafra, Ronan McNulty, Maciej Nessel, Tomasz Nowak, Jan Swakoń, Piotr Rzeźnik
5. Three-Step Deep Learning System for Cancer Cell Detection - Jan Krupiński, Ernest Jamro, Maciej Wielgosz, Paweł Russek, Agnieszka Dąbrowska-Boruch, Kazimierz Wiatr
6. SPEECHM: Extendable AI Models Benchmarking Service - Marek Kasztelnik, Szymon Mazurek
7. Toolkit for Managing Research Data in Medical Simulations on HPC Infrastructure - Taras Zhyhulin, Karol Zając, Piotr Nowakowski, Maciej Malawski, Jan Meizner, Marek Kasztelnik, Piotr Połeć
8. Serverless Transcriptomics on the HPC Cluster - Kamil Burkiewicz, Maciej Malawski
9. Analysis of Index Access Pattern in STAR RNA-seq Aligner - Jan Meizner, Piotr Kica, Sabina Lichołai, Maciej Malawski
10. Using High Performance Computing for the Quantification and Personalization of Cardiovascular Models - Karolina Tlałka, Harry Saxton, Ian Halliday, Andrew Narracott, Maciej Malawski
11. Bipolar Disorder Characterization from Diffusion MRI: a Deep Learning Approach - Dominika Ciupek, Maciej Malawski, Tomasz Pięciak
12. Verification, Validation and Uncertainty Quantification Workflows on High Performance Computers - Karol Zając
13. EDITH Project Roadmap – towards Virtual Human Twins - Marian Bubak, Marek Kasztelnik, Maciej Malawski, Jan Meizner,
    Piotr Nowakowski, Piotr Połeć
14. Enabling Scientists Through Marketplace: Simplifying Access to HPC and Research Resources - Michał Kołomański, Wojciech Ziajka, Paweł Gorczyca
15. UX Research for HPC Platforms – How to Increase the Adoption of e-Infra Services? - Katarzyna Lechowska-Winiarz, Agnieszka Pułapa, Alicja Świerad

11:20 → 13:20 S2

Convener: Prof. Paweł Russek (AGH / ACK Cyfronet AGH)

11:20 Qommunity: a Library for Community Detection Using Quantum and Classical Methods

Kacper Jurek, Barbara Wojtarowicz, Katarzyna Rycerz, Joan Falcó-Roget

Speaker: Kacper Jurek

ok1. Kacper Jurek.pdf

11:35 Designing Graph-Kolmogorov-Arnold Networks for Node Classification with Cartesian Genetic Programming

Maciej Krzywda, Chenqing Hua, Szymon Łukasik, Amir H. Gandomi

Speaker: Maciej Krzywda

11:50 High-Performance Computing for Event Cameras: DIF Filtering and Graph Convolutional Networks for Object Classification

Marcin Kowalczyk, Kamil Jeziorek, Tomasz Kryjak, Marek Gorgoń

Speaker: Marcin Kowalczyk

ok3. Marcin Kowalczyk.pdf

12:05 Evaluating Synthetic vs. Real Dynamic Vision Sensor Data for SNN-Based Object Detection Classification

Mustafa Sakhai, Kaung Sithu, Min Khant Soe Oke, Szymon Mazurek, Maciej Wielgosz

Speaker: Mustafa Sakhai

ok4. Mustafa Sakhai.pptx

12:20 AMD ROCm™ Software - Open software stack that includes programming models, tools, compilers, libraries, and runtimes for AI and HPC solution development on AMD GPUs

Speaker: Igor Pasichnyk (AMD)

12:40 Sieci Ethernet w środowisku AI/HPC

O tym jak dynamiczny rozwój technologii Ethernet umożliwia elastyczne i skalowalne łączenie elementów obliczeniowych w klastrach HPC/AI.

Speaker: Piotr Kędra (Arista Networks)

13:00 Fabryka AI i HPC od Della – made in Poland

O tym jak budować środowiska obliczeniowe AI i HPC z wykorzystaniem pełnego stosu infrastruktury Dell.

Speaker: Bartosz Charliński (Dell Technologies)

11:20 → 13:20 Wykorzystanie dużych modeli językowych dla danych prywatnych cz. 2 - LLM for private data, part 2

Opis szkolenia - Training description

13:20 → 14:20 Lunch

14:20 → 16:20 Dostęp do zasobów superkomputerów w ACK Cyfronet AGH - Access to supercomputers at ACC Cyfronet AGH

Opis szkolenia - Training description

14:20 → 16:20 S3

Convener: Prof. Jacek Kitowski (AGH / ACK Cyfronet AGH)

14:20 Calculation of Graph Isomorphisms in the Context of Processing of Big Structured Data

Igor Wojnicki, Aleksander Suchorab, Andrzej Bielecki, Marzena Bielecka

Speaker: Igor Wojnicki

ok1. Igor Wojnicki.pdf

14:35 Modeling Texture Evolution in Metals with CA Model

Bartosz Sułkowski

Speaker: Bartosz Sułkowski

ok2.Bartosz Sułkowski.pdf

14:50 Fast Simulation of the FoCal-H Detector with Machine Learning

Łukasz Dubiel, Piotr Ludynia, Emilia Majerz

Speaker: Emilia Majerz

ok3. Emilia Majerz.pdf

15:05 Self-Gravity, Perturbations, and Magnetic Fields in Gamma-Ray Burst Progenitors

Piotr Płonka, Agnieszka Janiuk

Speaker: Piotr Płonka

15:20 HPE - Accelerate Innovation and Discovery

Speaker: Marc Simon (HPE)

15:40 Intel Xeon 6 & Gaudi: Nowa Era Wydajności dla HPC

Speaker: Artur Flinta (Intel Technology Poland)

16:00 Convergence of HPC and AI... How?

Speaker: Rick Koopman (Lenovo)

16:20 → 16:40 Przerwa kawowa | Coffee break

16:40 → 17:40 Praktyczny wstęp do efektywnego korzystania z przestrzeni dyskowej klastrów obliczeniowych... - A practical introduction to the effective use of compute cluster storage space...

Opis szkolenia - Training description

16:40 Praktyczny wstęp do efektywnego korzystania z przestrzeni dyskowej klastrów obliczeniowych i zarządzanie zbiorami danych

Krótkie szkolenie jest przeznaczone dla początkujących i średnio-zaawansowanych użytkowników klastrów obliczeniowych znajdujących się w ACK Cyfronet AGH. W trakcie szkolenia zostaną zaprezentowane podstawowe informacje o dostępnych przestrzeniach do przechowywania danych od strony technicznej jak i praktycznej.

Omówione zostanie przeznaczenie konkretnych przestrzeni, zasady tam obowiązujące i dobre praktyki. Zostanie przedstawiony wzorcowy cykl życia danych, od przesłania, przez przetwarzanie po archiwizację lub usunięcie. Demonstracje obejmą techniki efektywnego operowania dużymi zbiorami plików.

Spodziewany efekt dla uczestnika tego szkolenia to lepsze zrozumienie działania przestrzeni dyskowych superkomputera i możliwość optymalizacji pracy z klastrem, prowadzącej do efektywniejszego korzystania z zasobów superkomputerowych.

Data i godzina: 3 kwietnia (czwartek), 16:20-17:20
Czas trwania: 1h
Prowadzący: Maciej Pawlik, specjalista ds. komputerów dużej mocy w ACK Cyfronet AGH

~~~~~~

A practical introduction to the effective use of compute cluster storage space and dataset management

The short training is intended for beginners and intermediate users of computing clusters located at ACK Cyfronet AGH. The training will present basic information about the available storage spaces from both the technical and practical side.

The purpose of specific spaces, the rules that apply there, and good practices will be discussed. A model data lifecycle will be presented, from uploading to processing to archiving or deletion. Demonstrations will include techniques for effectively handling large collections of files.

The expected outcome for the participant of this training is a better understanding of the operation of supercomputer disk spaces and the ability to optimize work with the cluster, leading to more efficient use of supercomputing resources.

Date and hours: April 3rd (Thursday), 16:20-17:20
Duration: 1h
Trainer: Maciej Pawlik, HPC Specialist at ACC Cyfronet AGH

Speaker: Maciej Pawlik (ACK Cyfronet AGH)

Maciej Pawlik.pdf

16:40 → 17:40 S4

Convener: Prof. Jacek Niemiec (IFJ PAN)

16:40 Mildly Relativistic Shocks at High Magnetisation Using PIC Simulations

Gabriel Torralba Paz, Masahiro Hoshino, Takanobu Amano, Shuichi Matsukiyo, Jacek Niemiec

Speaker: Gabriel Torralba Paz

ok1. Torralba Paz Gabriel.pdf

16:55 Modelling High Energy Fermi Gamma-Ray Bursts Using GRMHD Simulations

Joseph Saji, Shubham Bhardwaj, Maria Giovanna Dainotti, Agnieszka Janiuk

Speaker: Joseph Saji

17:10 PIC Simulations of Particle Acceleration at Astrophysical Shocks: Study of the Parameter Reduction Effects

Oleh Kobzar, Gabriel Krężel

Speaker: Gabriel Krężel

17:25 High-Resolution Atmospheric Simulations in Areas with Complicated Topography, Based on the Example of the Tatra Mountains

Adrian Góra, Michał Gałkowski, Mirosław Zimnoch

Speaker: Adrian Góra

19:00 → 22:00 Uroczysta kolacja / Conference dinner

Friday, 4 April

09:00 → 10:35 S5

Convener: Szymon Mazurek (ACK Cyfronet AGH)

09:00 Bielik: the Road to the Polish Large Language Model

W trakcie prezentacji szczegółowo zostanie omówiona historia modeli Bielik, począwszy od rozpoczęcia współpracy między SpeakLeash i ACK Cyfronet AGH, aż po publikację różnych wersji modelu, takich jak Bielik v0.1 i Bielik v2.0. Kolejnym ważnym elementem prezentacji będzie omówienie etapów przygotowania modeli LLM, takich jak wybór modelu i podejścia, tokenizacja, trening bazowy, finetuning instrukcyjny oraz optymalizacja. Zostaną również przedstawione metody poprawy jakości danych, w tym deduplikacja, czyszczenie i anonimizacja, które są kluczowe dla uzyskania wysokiej jakości wyników. Na koniec przedstawione zostaną przypadki zastosowania Bielika. Wśród nich znajdą się odpowiedzi na pytania, w jaki sposób model może być dostosowany do specyficznych potrzeb i jak jego elastyczność i niskie koszty użytkowania czynią go atrakcyjnym wyborem dla różnych zastosowań.

Speaker: Remigiusz Kinas (Speakleash/Bielik.ai)

09:35 PLGrid Forge

Speakers: Szymon Mazurek, Łukasz Flis

10:00 Fortissimo Plus

Speaker: Patrycja Dąbrowska-Wierzbicka (ACK Cyfronet AGH)

ok3. Patrycja Dąbrowska-Wierzbicka.pdf

10:15 Cyberbezpieczeństwo i sztuczna inteligencja

Speakers: Krzysztof Małek (COIG S.A.), Łukasz Hoppe (COIG S.A.), Łukasz Mietła (COIG S.A.), Łukasz Sikorski (COIG S.A.)

10:25 Cloud native research

Speaker: Jakub Zboina (Comtegra S.A.)

10:35 → 10:55 Przerwa kawowa / Coffee break

10:55 → 12:55 Najlepsze praktyki przy monitorowaniu zadań i testach skalowalności - Best practices on jobs monitoring and scalability tests

Opis szkolenia - Training description

10:55 → 12:55 S6

Convener: Dr Marian Bubak (ACK Cyfronet AGH / Sano)

10:55 Deep Learning for Cancer Cell Detection in Veterinary Cytology

Jan Krupiński, Ernest Jamro, Maciej Wielgosz, Paweł Russek, Agnieszka Dąbrowska-Boruch, Kazimierz Wiatr

Speaker: Jan Krupiński

ok1. Jan Krupiński.pdf

11:10 Treatment Prediction of Head and Neck Cancer with Vision-Language Modeling

Filip Ręka, Bartosz Minch

Speaker: Filip Ręka

ok2. Filip Ręka.pdf

11:25 GaNDLF-Synth: a Framework for Generative AI in Biomedical Imaging

Sarthak Pati, Szymon Mazurek, Akis Lindaros, Spyridon Bakas

Speaker: Szymon Mazurek

ok3. Szymon Mazurek.pdf

11:40 Comparative Computational Study of Isomeric TFSI and FPFSI Anions in Li-Ion Electrolytes

Andrzej Eilmes, Piotr Kubisiak, Domantas Narkevičius, Chiara Nicotri

Speaker: Andrzej Eilmes

ok4. Andrzej Eilmes (2).pdf

11:55 Enhancing Ni/x/Au/1-x/ Thermoelectric Performance through Resonant Scattering

Kacper Pryga, Bartłomiej Wiendlocha

Speaker: Kacper Pryga

12:10 Highly Accurate ab initio Calculations of the Excited Electronic States of the Helium Molecule

Dawid Dąbrowski, Marcin Gronowski, Michał Przybytek, Michał Tomza

Speaker: Dawid Dąbrowski

ok6. Dawid Dąbrowski.pdf

12:25 Application of Differential Molecular Electrostatic Potential (ΔMEP) in a Description of Chemical Bonding and Reactivity

Olga Żurowska, Artur Michalak

Speaker: Olga Żurowska

12:40 Theoretical Study on Photophysical Properties of a Coumarin Derivative

Dominika Tabor, Monika Srebro-Hooper

Speaker: Dominika Tabor

ok8. Dominika Tabor.pdf

12:55 → 13:55 Lunch

13:55 → 14:55 Najlepsze praktyki przy monitorowaniu zadań i testach skalowalności - Best practices on jobs monitoring and scalability tests

Opis szkolenia - Training description

13:55 → 15:10 S7

Convener: Prof. Andrzej Eilmes (Uniwersytet Jagielloński)

13:55 Quantum-Chemical Modelling of Photophysical and Chiroptical Properties of a Helical Molecular System with a Potential Application in CP-OLEDs

Dominika Jelonek, Monika Srebro-Hooper

Speaker: Dominika Jelonek

14:10 Study of Lattice Dynamics and Electron-Phonon Interaction in SnTe:In and PbTe:Tl

Gabriel Kuderowicz, Bartlomiej Wiendlocha

Speaker: Gabriel Kuderowicz

14:25 Experimental and Theoretical Studies of the Structure of Selected Styrene-Divinylbenzene Ion Exchange Resins

Katarzyna Chruszcz-Lipska

Speaker: Katarzyna Chruszcz-Lipska

14:40 Cellular Automaton Approach to Estimation of Neurotransmitter Flow Parameters in a Presynaptic Bouton of a Neuron

Andrzej Bielecki, Maciej Gierdziewicz

Speaker: Maciej Gierdziewicz

ok4. Maciej Gierdziewicz.pdf

14:55 Design of Alkylxanthine Derivatives of 3,4-dihydroquinazoline-2-amine as Potential Serotonin Receptor Ligands Using Molecular Modelling Methods

Natalia Kozień, Przemysław Zaręba

Speaker: Natalia Kozień

ok5. Natalia Kozień.pdf

15:10 → 15:20 Zakończenie konferencji / Conference closing